El programa de doctorado se organiza alrededor de los siguientes objetivos:

1. Supervisión de tesis doctorales, que comienza con el Procedimiento para la asignación de Tutor y Director de tesis y la puesta en marcha del mecanismo de seguimiento del doctorando. Asimismo, se dispone de un programa de fomento de la dirección de tesis doctorales
2. Procedimiento para la valoración anual del Plan de Investigación y el Registro de Actividades. Una vez matriculado el doctorando o doctoranda, todas las actividades que realice de interés dentro del programa de doctorado se materializarán en el documento de actividades personalizado, de acuerdo con el Anexo II de la Normativa de gestión de las enseñanzas de doctorado de la UPV/EHU. Este documento será revisado anualmente por el tutor o la tutora y por el director o directora del programa de doctorado. La evaluación deberá ser positiva para poder continuar en el programa. En caso de que la evaluación sea negativa, podrá ser de nuevo evaluado en un plazo de seis meses.
3. Posibles estancias en otros Centro. Los estudiantes podrán desplazarse a otros centros para la realización de actividades relacionadas con la elaboración de su Tesis Doctoral: realización de cursos de interés específico para su investigación, asistencia a congresos y estancias en otros centros tuteladas por profesores de esos centros. La movilidad de los doctorandos estará organizada y supervisada por su tutor o director. Para fomentar las estancias en centros pertenecientes a universidades o centros de investigación de reconocido prestigio españoles o extranjeros y/o realizar una parte del trabajo de la Tesis Doctoral en centros de otros países, se contará con Becas de las Universidades, de las CCAA correspondientes y del MICINN.