Los estudios de Estadística se establecen en la Universidad Complutense en 1952, como Escuela Profesional. En el BOE de 3 de febrero de 1952 se publica el Decreto de 11 de enero, en el que se autoriza al entonces Ministerio de Educación Nacional la organización de la enseñanza de la Estadística. Este Decreto dice en su artículo único: "Se autoriza al Ministerio de Educación Nacional para que, de conformidad con lo establecido en el artículo 23 de la Ley de Ordenación Universitaria, organice la enseñanza de la Estadística en la Universidad de Madrid". 

La autorización de este Decreto se materializa en la Orden Ministerial de 31 de enero de 1952, cuyo artículo primero dispone: "Se crea en la Universidad de Madrid la Escuela de Estadística para la investigación, estudio y enseñanza de los métodos estadísticos y sus aplicaciones".

El artículo segundo de esta disposición encomienda al Rectorado de la Universidad de Madrid la dirección y gobierno de esta Escuela. En 1976, al amparo de lo previsto en la Ley General de Educación, el Rectorado de la Universidad Complutense solicita a la Junta NAcional de Universidades la transformación de la Escuela de Estadística en Escuela Universitaria. Como consecuencia de esta petición se publica en el BOE de 11 de febrero el Real Decreto 142/1977, de 21 de enero, que, en su artículo primero, ordena lo siguiente: "Se crea la Escuela Universitaria de Estadística, con sede en Madrid, dependiente de la Universidad Complutense, en la que quedará integrada la actual Escuela de Estadística de la misma Universidad". En esta fecha era Ministro de Educación y Ciencia con Aurelio Menéndez y Menéndez.

Una vez incorporada a la Universidad, la Escuela Universitaria de Estadística se acoge al patronazgo de San Isidoro de Sevilla con el acuerdo favorable de la Junta de Gobierno (esta festividad se celebra el día 26 de abril)

El fin primordial de la Escuela Universitaria de Estadística es la difusión del conocimiento de la Estadística y sus aplicaciones hacia la sociedad en general. Más concretamente la Escuela asume como principal objetivo la enseñanza (de acuerdo con los promotores) del "Método estadístico, que puede considerarse actualmente como una ciencia unificada, coherente y con aplicaciones cada día mas importantes y numerosas. La Escuela constituye un Centro de enseñanzas prácticas y teóricas de la Estadística, no de exclusivo interés académico, sino que está en contacto efectivo con los problemas nacionales y de la vida real a cuyas soluciones aporta contribuciones decisivas".

El nacimiento de la Escuela Universitaria de Estadística dentro de la Universidad fue un logro para la formación estadística en España ya que, además de ser el primer centro dedicado exclusivamente a esta disciplina, consiguió que su enseñanza tuviera en cuenta "la unidad coherente del método estadístico y la generalidad y amplitud de sus aplicaciones".

La EU de Estadística ha impartido a lo largo de su historia la enseñanza de la Estadística mediante diferentes planes de estudio que se han ido reformando y adaptando a las necesidades reales de que demandaba la sociedad. Actualmente y desde el curso académico 2009/2010 la docencia de la Estadística se canaliza através del título de Grado en Estadística Aplicada, título que nace para adecuarse a los cambios producidos en los estudios universitarios para su adaptación al EEES y a las enseñanzas de grado, según la Ley Orgánica 4/2007, de 12 de abril.

Desde el 16 de Noviembre de 2012 (BOCM nº276), la EU de Estadística pasa a denominarse Facultad de Estudios Estadísticos.